ادعى مفوض الحكومة لدى المحكمة العسكرية لقاضي صقرصقر على الشيخ عمر اﻷطرش الموقوف منذ اسبوع تقريبا بتهمة نقل سيارات مفخخة وتسهيل نقل الإنتحاريين  من والى لبنان وسوريا ومعه 12 آخرون من جنسيات لبنانية وسورية موقوفون لدى القضاء بجرم القيام بأعمال إرهابية وكانت قيادة قيادة الجيش قد اكدت رسميا انها  "أحالت مديرية المخابرات ظهر اليوم الخميس على القضاء المختص، الموقوف عمر إبراهيم الأطرش الملقب "أبو عمر"، والذي كان قد أوقف بتاريخ 22/1/2014 بعد توافر معلومات حول ارتباطه بإرهابيين داخل سوريا، وتأليفه خلية إرهابية تضم لبنانيين وسوريين وفلسطينيين. وفي نتيجة التحقيق معه اعترف بارتباطه بكل من المطلوبين الفارين: عمر ابراهيم صالح الملقب "أبو فاروق"، ونعيم عباس وأحمد طه، وآخرين ينتمون إلى ألوية عبدالله عزام و"داعش" و"جبهة النصرة"، كما اعترف بنقله سيارات مفخخة إلى بيروت، بعد استلامها من السوري أبو خالد وتسليمها إلى الإرهابي نعيم عباس، وذلك بالتنسيق مع المدعو عمر صالح، بالإضافة إلى نقله أحزمة ناسفة ورمانات يدوية وذخائر مختلفة. وفي إحدى تلك السيارات، وهي من نوع جيب شيروكي، نقل معه انتحاريين مزودين بأحزمة ناسفة، حيث قتلا لاحقا على حاجزي الأولي ومجدليون بعد أن سلمهما إلى المدعو عباس مع السيارة المذكورة التي فجرت بتاريخ لاحق، كما نقل برفقة المدعو أبو فاروق سيارة أخرى فجرت أيضا. كما اعترف بنقله انتحاريين من جنسيات عربية إلى داخل الأراضي السورية وتسليمهم إلى جبهة النصرة، بالإضافة إلى إحضاره 4 صواريخ من سوريا أطلقت بتاريخ 22/8/2013 من منطقة الحوش باتجاه الأراضي الفلسطينية المحتلة، بالإضافة إلى 4 صواريخ أخرى استلمها قبل توقيفه بأيام من المدعو أحمد طه. تقوم مديرية المخابرات بالتوسع في التحقيق لكشف كافة العمليات التي قامت بها الخلية التي ينتمي إليها الموقوف.